Индекс волшебства III

После событий второго сезона, Тома и Индекс пытаются вернуться к нормальной жизни. Тома возвращается в школу, но снова и снова попадает в неприятности. В то же время Индекс устраивает себе и своему коту Сфинксу уютную жизнь в квартире Томы и даже позволяет Томе заботиться о них.

Однако мир и покой не длятся долго. Вскоре Академия Сити оказывается в центре внимания международной общественности, потому что во Франции по инициативе Римско-католической церкви начинаются протесты религиозных сторонников против Академии Сити. Но эти протесты только начало, потому что различные тайные группировки также пытаются использовать назревающие беспорядки в своих целях и повергнуть мировой порядок в хаос.

Поэтому Тома отправляется в Европу, ведь его единственная надежда его правая рука, Акселератор. Хамазура и компаньоны Индекса из английской Церкви Необходимости также вновь поднимают смуту.